Nejstarší písemný doklad o existenci školy v Husinci pochází z roku 1555, kdy purkmistr v dopise Vilému z Rožmberka uvádí, že: "...Ondřej Sup kromě písařské služby také dítky naše velmi pilně vyučuje..." Husinecké děti se tehdy učily ve staré stodole, která sloužila jako školní učebna.
V roce 1665 přišel do Husince městský písař a učitel Jan Leopold Germani – Písecký. Kromě písařské a učitelské práce zde v roce 1686 založil první obecní kroniku, kterou poctivě vedl po celou dobu svého působení. Za jeho éry došlo v roce 1697 k postavení nové školy v Husinci – na místě staré fary mezi domy Víta Neužila a Pavla Šobra. Tato škola sloužila po mnoha opravách až do roku 1789.
Tehdy vrchnost povolila stavbu nové školy. Stará budova byla zbořena a začala výstavba nové jednopatrové budovy na stejném místě. Vrchnost poskytla stavební materiál, zatímco obyvatelé Husince a přiškolených obcí museli vykonat potřebné ruční práce a zajistit povozy na dovoz staviva. Nová škola byla dokončena v roce 1790.
V té době zde působil jako učitel Jan Pehel. Do školy chodilo 152 dětí a učitel si musel platit vlastního pomocníka, aby zvládal funkci městského písaře i učitele zároveň. Jeho nástupcem se v roce 1826 stal jeho syn Gracian Pehel, který zde učil až do své smrti.
Husinec se dočkal výstavby nové školy v roce 1895 – na místě původní, již zchátralé budovy. Nová školní budova měla pět tříd a byt řídícího učitele, kterým byl Tomáš Šobr. Ve školním roce 1897/98 tuto školu navštěvovalo 343 dětí. Budova se zachovala dodnes.
V roce 1929 byla v budově otevřena měšťanská škola, jejímž ředitelem se stal Josef Slípka. Protože školní místnosti nestačily, byl zrušen učitelský byt a výuka probíhala i v jiných prostorách obce — například v šatně kina nebo ve vile Eliška. Nedostatek učeben přetrvával po celá 30. léta, během války i po jejím skončení.
Po dlouhých jednáních bylo v roce 1947 rozhodnuto o výstavbě nové školní budovy za obcí směrem na Vimperk. Po dvou letech výstavby byla škola v roce 1950 slavnostně uvedena do provozu.
Původní budova školy v Komenského ulici byla následně převzata nově vzniklým odborným učilištěm pro pekařské učně. Až do přístavby bočního traktu základní školy v roce 1963 zde sídlila mateřská škola.